SciBerg e.Kfm., Mannheim

Einleitung / Überblick

SciBerg e.Kfm ist ein privates Forschungsunternehmen mit Sitz in Mannheim in der Nähe des europäischen Bioinformatik- und Life-Science-Zentrums Heidelberg. Das Unternehmen bietet spezialisierte Bioinformatik-Dienstleistungen für die Analyse hochdurchsatzsequenzierter Daten (Next-Generation Sequencing, NGS) an. Es integriert ein Team von promovierten Molekularbiologen und Bioinformatikern mit umfangreicher Erfahrung aus führenden Forschungseinrichtungen

Tätigkeitsfelder

Das Kerngeschäft von SciBerg liegt in der bioinformatischen Datenanalyse und der Bereitstellung entsprechender Dienstleistungen für die Forschung. Die Tätigkeit erstreckt sich von der Standardanalyse bis hin zu hochgradig individuellen Forschungsprojekten

Leistungen & Services

SciBerg bietet umfassende Dienstleistungen in der Bioinformatik, insbesondere für Projekte der Massiv-Parallel-Sequenzierung. Neben Standardanalysen stellt das Unternehmen vollständig maßgeschneiderte Lösungen bereit, die speziell auf das jeweilige Projekt zugeschnitten sind. Zu den angebotenen Services gehören die bioinformatische Auswertung verschiedener NGS-Anwendungen

• Analyse von RNA-seq (Transkriptom), ChIP-seq (Histone & TF-gebundenes DNA-seq, ATAC-seq), MeDIP-seq/DIP-seq und Metagenomik-Daten
• Entwicklung und Anwendung validierter Datenanalyse-Pipelines
• Erstellung publikationsreifer Grafiken und Visualisierungen
• Durchführung von Schulungen, wie einem Molekularbiologie-Kurs oder einem NGS-Datenanalyse-Tutorial

Schwerpunkte & Besonderheiten

Ein besonderer Fokus liegt auf hochgradig individualisierten Lösungen, da viele Sequenzierprojekte individuelle bioinformatische Ansätze anstelle von Standardlösungen erfordern. Das Expertennetzwerk des Unternehmens schließt die Hauptentwickler mehrerer populärer Bibliothekspräparationstechniken für NGS sowie weit verbreiteter Datenanalyse-Pakete ein. Ein weiterer Schwerpunkt ist die wirtschaftliche Effizienz durch Outsourcing der Datenanalyse

Über uns / Über mich

Das Unternehmen vereint Molekularbiologen und Bioinformatiker mit fundierter Expertise im Labor (Wet-Lab) und langjähriger Erfahrung in der Analyse verschiedener Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten. Einige Spezialisten verfügen über einen nachgewiesenen Hintergrund in der Entwicklung neuartiger NGS-Bibliothekspräparationsmethoden sowie verschiedener Datenanalyse-Pipelines. Neben kommerziellen Dienstleistungen beteiligt sich SciBerg auch an Forschungsprojekten

Methoden, Arbeitsweise & Technologien

Für die Datenanalyse werden überwiegend Open-Source und frei verfügbare Softwarepakete verwendet, die in Unix/Linux- und R/Bioconductor-Umgebungen arbeiten. Die Daten werden mit den zuverlässigsten und genauesten Algorithmen verarbeitet, darunter sowohl gängige als auch hausinterne Verfahren. Zu den konkreten Arbeitsschritten und Tools gehören unter anderem:

• Qualitätskontrolle von Sequenzen aus Genome-FASTA-Dateien
• Read-Alignment mit Tools wie bowtie, bowtie2, bwa, HiSat und STAR
• Manipulation von SAM-Dateien
• Berechnung von Roh-Read-Counts mit eXpress und RSEM
• Anwendung spezifischer Methoden für statistische Analysen

Preise / Kostenstruktur

Die Auslagerung der Datenanalyse-Dienstleistungen ist in der Regel kosteneffizienter als der Unterhalt einer eigenen Bioinformatik-Abteilung. Durch die Inanspruchnahme der Dienstleistungen von SciBerg können die Ausgaben für die Datenanalyse optimiert werden

Adresse & Kontaktdaten

• Für die Kontaktaufnahme stehen folgende Informationen zur Verfügung
• Name: SciBerg e.Kfm. Inhaber: Dr. Andrey Turchinovich
• Straße: James-Monroe-Ring 107
• PLZ Ort: 68309 Mannheim
• Telefon: +49 (0) 171 1908276
• E-Mail: info[at]sciberg.com