Bioinformatics Core, Hamburg

Einleitung / Überblick

Das Bioinformatics Core der University Medical Center Hamburg-Eppendorf bietet eine breite Palette von Bioinformatikdienstleistungen. Der Schwerpunkt liegt dabei auf der Analyse von Hochdurchsatzsequenzierungsdaten. Das Facility steht primär Forschern am UKE und verwandten Institutionen zur Verfügung, ist aber offen für Kollaborationen mit externen Partnern. Alle Dienstleistungen werden in der Regel kostenfrei angeboten. Die offizielle Onlinepräsenz befindet sich innerhalb der UKE Homepage

Tätigkeitsfelder

Das Bioinformatics Core umfasst verschiedene Tätigkeitsfelder in der Bioinformatik und Computational Biology. Dazu gehören Datenanalyse, Beratung, Softwareentwicklung und Training

Leistungen & Services

Das Bioinformatics Core bietet folgende Leistungen und Services:

• Datenanalyse
• Beratung in verschiedenen Bereichen der Bioinformatik, Sequenzierung und Sequenzdatenanalyse
• Softwareentwicklung
• Training in Bioinformatik und Computational Biology
• Unterstützung bei Projektplanung und Grantanträgen
• Dokumentation angewandter Methoden für Publikationen
• Beratung zu Hardware und Software Lösungen für Arbeitsgruppen

Schwerpunkte & Besonderheiten

Ein besonderer Schwerpunkt des Bioinformatics Core liegt in der Analyse von Hochdurchsatzsequenzierungsdaten, einschließlich MeDIP-Seq und Bisulfite Sequencing. Darüber hinaus werden verschiedene Data Annotation Tasks und Integrative Analysen durchgeführt. Die Facility legt großen Wert darauf, Datenanalyseaufgaben nach veröffentlichten Best Practices zu lösen und bei Bedarf kundenspezifische Lösungen anzubieten. Dabei wird ein hoher Grad an Transparenz gewährleistet, indem Analysestrategien erklärt und dokumentiert werden und Ergebnisse gemeinsam mit Kunden bewertet werden. Das Facility ist zudem offizielles Trainingspartner im German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI)

Methoden, Arbeitsweise & Technologien

Das Bioinformatics Core setzt standardisierte Workflows nach veröffentlichten Best Practices ein, um Datenanalyseaufgaben zu lösen. Für Aufgaben, die diese Workflows nicht ausreichend lösen, werden kundenspezifische und integrative Lösungen bereitgestellt. Die Facility arbeitet mit einem hohen Grad an Transparenz und dokumentiert Analysestrategien und Ergebnisse umfassend. Expertise besteht in der Entwicklung von Custom Software und Workflows für Sequenzdatenanalyse. Die Evaluierung der Machbarkeit von vorgeschlagenen Projekten wird aufgrund der zeitaufwändigen Natur der Softwareentwicklung sorgfältig geprüft

Zielgruppen & Anwendungsbereiche

Die Zielgruppen des Bioinformatics Core sind primär Forscher am University Medical Center Hamburg-Eppendorf und verwandten Institutionen. Darüber hinaus steht das Facility externen Partnern für Kollaborationen offen. Die Anwendungsbereiche umfassen die Analyse von Hochdurchsatzsequenzierungsdaten, Beratung in verschiedenen Bereichen der Bioinformatik und Softwareentwicklung für Sequenzdatenanalyse